Penjaminan Mutu Pendidikan Tinggi merupakan kegiatan sistemik untuk meningkatkan mutu Pendidikan Tinggi secara berencana dan berkelanjutan. Penjaminan mutu pada pendidikan tinggi dilakukan melalui penetapan, pelaksanaan, evaluasi, pengendalian, dan peningkatan Standar Pendidikan Tinggi (SPT).

SPMI yang dilaksanakan oleh Politeknik Kelautan dan Perikanan Kupang adalah menjamin pemenuhan Standar Nasional Dikti secara sistemik dan berkelanjutan sehingga tumbuh dan berkembang budaya mutu di setiap Program Studi di Politeknik KP Kupang.

Menurut UU.Nomor 12 Tahun 2012 Pasal 54, dan dijelaskan kembali pada SN Dikti, Permenristekdikti Nomor 44 Tahun 2015, standar Nasional Pendidikan Tinggi meliputi satuan standar :

Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) Politeknik KP Kupang atau kata lain disebut Quality Assurance Politeknik KP Kupang  dilakukan dan didokumentasikan sesuai dengan pedoman Sistem Penjaminan Mutu Perguruan Tinggi (SPM-PT). Melalui pelaksanaan SPMI, Politeknik KP Kupang diharapkan mampu mencapai Visi dan Misi yang telah ditetapkan pada Statuta Politeknik KP Kupang.