Politeknik Kelautan dan Perikanan Kupang telah melaksanakan akreditasi program studi terhadap tiga program studi yang ada yaitu D-III Teknik Penangkapan Ikan, D-III Mekanisasi Perikanan dan D-III Teknik Budidaya Perairan dengan akreditasi C. Berikut sertifikat akreditasi program studi dapat diunduh pada link berikut:

1. D-III Teknik Penangkapan Ikan
2. D-III Mekanisasi Perikanan
3. D-III Teknik Budidaya Perairan